【簡介】

 

本實驗室遊走於機器學習、基因體、與口腔醫學的交界,但基本上我們每天做的就是把咖啡轉換成程式 碼 :p

 

我們相信生物學的本質是「小」的科學,因此我們採行軟體設計的敏捷開發,整合「乾、濕」實驗,挖 掘生物新知

 

 

 

【研究方向】

 

癌症基因體學、精準醫療

 

 

 

【專長】

 

生物資訊、機器學習、基因體學、微生物學、遺傳學

 

 

 

【學歷】

 

畢業學校

國別

主修系別

學位

畢業年度

哥倫比亞大學

美國

生物學系

博士

2018

國立台灣大學

台灣

微生物與生化學研究所

碩士

2010

國立台灣大學

台灣

牙醫學系

學士

2008

 

 

【經歷】

 

服務單位

服務部門

職稱

服務期間

LifeMine Therapeutics

資料科學部門 基因

資深計算生物學研究員

2019 2021

新英格蘭實驗室

研究部門

博士後研究員

2018 2019

 

 

【著作】

 

1.        Wang B, Lin Y-C, Vasquez-Rifo A, Jo J, Price-Whelan A, McDonald ST, Brown LM, Sieben C & Dietrich LEP (2021) Pseudomonas aeruginosa PA14 produces R-bodies, extendable protein polymers with roles in host colonization and virulence. Nature Communications, 12(1): 4613.


2.        Chen J-L, Lin Y-C, Fu H-Y & Yang C-S (2019) The blue-green sensory rhodopsin SRM from Haloarcula marismortui attenuates both phototactic responses mediated by sensory rhodopsin I and II in Halobacterium salinarum. Scientific Reports, 9(1): 5672.

3.        Choi PH, Jo J, Lin Y-C, Lin M-H, Chou C-Y, Dietrich LEP & Tong L (2016) A distinct holoenzyme organization for two-subunit pyruvate carboxylase. Nature Communications, 7: 12713.

4.        Fong JC, Rogers A, Michael AK, Parsley NC, Cornell W-C, Lin Y-C, Singh PK, Hartmann R, Drescher K, Vinogradov E, Dietrich LE, Partch CL & Yildiz FH (2017) Structural dynamics of RbmA governs plasticity of Vibrio cholerae biofilms. ELife, 6.

5.        Fu H-Y, Lin Y-C, Chang Y-N, Tseng H, Huang C-C, Liu K-C, Huang C-S, Su C-W, Weng RR, Lee Y-Y, Ng WV & Yang C-S (2010) A novel six-rhodopsin system in a single archaeon. Journal of Bacteriology, 192(22): 58665873.

6.        Hölscher T, Bartels B, Lin Y-C, Gallegos-Monterrosa R, Price-Whelan A, Kolter R, Dietrich LEP & Kovács ÁT (2015) Motility, chemotaxis and aerotaxis contribute to competitiveness during bacterial pellicle biofilm development. Journal of Molecular Biology, 427(23): 36953708.

7.        Lin Y-C, Cornell WC, Jo J, Price-Whelan A & Dietrich LEP (2018) The Pseudomonas aeruginosa Complement

of Lactate Dehydrogenases Enables Use of d- and l-Lactate and Metabolic Cross-Feeding. MBio, 9(5).

8.        Lin Y-C, Fu H-Y & Yang C-S (2010) Phototaxis of Haloarcula marismortui revealed through a novel microbial motion analysis algorithm. Photochemistry and Photobiology, 86(5): 10841090.

9.        Lin Y-C, Sekedat MD, Cornell WC, Silva GM, Okegbe C, Price-Whelan A, Vogel C & Dietrich LEP (2018) Phenazines Regulate Nap-Dependent Denitrification in Pseudomonas aeruginosa Biofilms. Journal of Bacteriology, 200(9).

10.    Madsen JS, Lin Y-C, Squyres GR, Price-Whelan A, de Santiago Torio A, Song A, Cornell WC, Sørensen SJ,

Xavier JB & Dietrich LEP (2015) Facultative control of matrix production optimizes competitive fitness in Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilm models. Applied and Environmental Microbiology, 81(24): 84148426.