課程介紹
課程內容
生物資訊之醫學 應用
蛋白質體資訊分 析
合成生物學設計
系統生物學
生醫資訊應用實習
微陣列數據分析
合成生物學實作
格網及平行運算
系統生物學實驗
生物資訊實務
七月份課程時刻表
八月份課程時刻表(含9月)
 
系統生物學(講授課程)

學分數:2學分
日期:98年8月3日至98年9月2日止
時間:每星期一、三、五上午9:10-12:00
教室:圖資大樓405室
負責老師姓名:鍾翊方

課程說明
本課程由陽明與中正聯合開課。基於今年中心授課的經驗,預計仍繼續邀請原來講員講授教材。這邊將以 深入淺出說明實驗資料的取得、數學模式的建立及各種Omics資料整合等,以利於進行系統生物學分析。另外將採用E. Coli的Lactose Operon當作範例,讓有志學習系統生物學的學員能藉由範例的描述而更深入瞭解整個系統生物學運作狀況。
備註:
1.課程進行時,各點將同時播放內容,上課老師並會到其中某一點主持討論;課程進行中隨時保持連線,提供同學隨時發問。
2. 建議選修學生可先至SOS-Math網站補充需用到的數學理論
  •      (http://www.sosmath.com/calculus/calculus.html)

  • l Matrix Algebra
        o Introduction to Matrices
          1. Introduction and Basic Operations (矩陣四則運算介紹)
          2. Matrix Multiplication (係數矩陣介紹)
          3. Algebraic Properties of Matrix Operations (單位矩陣介紹)
          4. Invertible Matrices (反矩陣介紹)
          5. Special Matrices: Triangular, Symmetric, Diagonal (轉置矩陣介紹

    l Differential Equations
        o First Order Differential Equations
          1. Linear Equations (Example)
          2. Separable Equations (前面部份)
          3. Qualitative Technique: Slope Fields
          4. Equilibria and the Phase Line (實例介紹 ODE)

    l Calculus
        o DIFFERENTIATION (裡面有一些基本的微分介紹)

    日期

    講題

    時數

    教師姓名

    8/3

    (一)

    Introduction

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)

    8/5

    (三)

    Model the metabolic system (I)

    3小時

    王逢盛
    (中正化工系)

    8/7

    (五)

    Model the metabolic system (II)

    3小時

    王逢盛
    (中正化工系)

    8/12

    (三)

    Omics

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)

    8/14

    (五)

    Transcriptome and its regulation

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)

    8/17

    (一)

    Network biology

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)

    8/19

    (三)

    Midterm

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)
    王逢盛
    (中正化工系)

    8/21

    (五)

    Model the transciptional regulation (I)

    3小時

    周瑞仁
    (台大生物產業機電工程學系)

    8/24

    (一)

    Model the transciptional regulation (II)

    3小時

    周瑞仁
    (台大生物產業機電工程學系)

    8/26

    (三)

    Integrating the transcriptional and metabolic regulation

    3小時

    王逢盛
    (中正化工系))

    8/28

    (五)

    Q & A

    3小時

    鍾翊方
    (陽明大學生醫資訊所)

    8/31

    (一)

    Integration and application

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)

    9/2

    (三)

    Final exam

    3小時

    楊永正
    (陽明大學生醫資訊所)
    王逢盛
    (中正化工系)
    周瑞仁
    (台大生物產業機電工程學系)

    *將視實際情況做稍微變動

    2009 陽明大學生物資訊與系統生物學學分班