國立陽明大學的前身為國立陽明醫學院，創始於一九七五年。創校宗旨即秉持校訓「真知力行、仁心仁術」之精神，培養深具愛心的優秀臨床醫學與生物醫學科技人才。物理治療學系創立於一九八八年，創辦之初為復健醫學系。本系依據設立宗旨開設有學士班、碩士班和博士班。各班級均訂有其明確教育目標與辦學特色，學士班的教育目標在於培育物理治療及輔助科技應用的臨床專業人才，並具備從事相關研究發展的潛力；碩士班的教育目標在於培育具批判性思維及邏輯思考能力之學術人才並強化具實證醫學觀念，落實實證基礎之臨床應用的物理治療與輔助科技專業人才，博士班的教育目標在於培育具獨立研究、建立理論與實務的科技整合人才，並強化具備國際觀及全球化視野的競爭能力。

課程設計與教師教學方面，學士班課程規劃設計的宗旨在於培養兼具物理治療及輔助科技應用的臨床專業人才，並具備從事相關研究發展的潛力。自九十六學年度入學新生，本系大學部課程計有必修九十學分其包含通識課程、應用英文、人文與生活、基礎學科、基礎醫學、臨床醫學、專業引導課程、及共同核心課程等，另開設各項選修課程，包括：物理治療專業領域、輔助科技領域、研究及其他領域課程等。此外本系所隸屬之「生物醫學暨工程學院」另有”生醫科學暨工程跨領域學位學程”規劃，提供本學院各科系學生規劃雙主修、輔系或轉系之選擇。課程設計多元彈性，能滿足學生學習需求，培養學生跨領域思維與競爭力。研究所以上之碩士班與博士班課程涵蓋「物理治療」及「輔助科技」兩大領域，博士班設有全英語環境的進階研究所課程，課程內容即有專業的深度亦有跨領域廣度，相較國內外同性質科系所亦有其辦學特色。

教師在研究與專業表現上面成果卓越，近三年共發表一百三十五篇期刊論文，參與九十八場國內會議、三十一場國外會議，專業表現相較於陽明其他學系或是其他學校物理治療學系均名列前茅。在研究計劃的方面，三年內共獲得國科會計畫四十三件，補助金額達2505.5萬；非國科會計畫五十七件，補助金額達6030.2萬，研究內容涵蓋運動生理、健康促進、神經生理、輔助科技服務資源整合與推廣、輔具研發、生物力學、早期療育、身心障礙者之健康促進、運動傷害、功能復健服務模式、甦醒植物人復健服務、足底受力分析與鞋墊設計、機電技術整合醫學知識的智慧型輔具、心肺功能相關評估工具系統等多面向，充分展現本系教師在研究方面不遺餘力、領域廣泛、合作單位豐富多元，成效相當卓越，且高度符合社會、經濟、文化與科技發展的需求。

目前大學部畢業生共有五百五十七人；碩士班畢業人數達一百一十九人。本系歷屆大學部畢業生考取物理治療師證照錄取率多年為九十%以上，遠高於全國平均錄取率。大學部畢業生從事臨床工作者約三十至五十%，繼續升學進修者約二十五%，約七至九%繼續進修博士學位，七%擔任教職與研究工作。其中又以選修物理治療與輔助科系相關領域為眾，與本系為國家社會培育專業物理治療師人才之目標有所符合。