微陣列及基因表現分析核心設施


the National Microarray & Gene Expression Analysis Core Facility

of

the National Research Program for Genomic Medicine

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為了避免不必要的浪費,本中心強烈建議申請者自行檢測RNA品質,RNA品質是晶片分析數正確性最大的影響因子之一,錯誤的數據比沒有數據更令人頭痛。 本中心要求申請人至少完成兩項測試(純度:OD260/280 measurement, 完整性:Electrophoresis or Bioanalyzer test)本中心 亦會進行重複測試,並依據以下標準判定RNA的品質:

1. RNA 純度

RNA 在純化過程中,容易受到DNA、 蛋白質及有機溶劑的影響,這些殘存物將會影響往後的操作。光譜分析利用物質對不同波長光的吸收度的不同,可以鑑別出溶液純度及濃度。本中心會對RNA樣品作OD measurement 純度檢測,同是也要求申請人在送件前自行檢測,本中心QC的標準如下圖所示。

2. RNA 完整性

除了純度以外,RNA的完整性也是非常的重要,自然界無所不在的 RNase,使 RNA 保存相當不易,在運送及保存的過程中如果遭受污染,RNA會很快的遭分解破壞,為了確保實驗的數據不受影響,本中心會對RNA樣品作完整性的檢測,同時也要求申請人 在送件前自行檢測。目前本中心的做法有兩種,1)電泳法,2)流式晶片 (2100 Bioanalyzer), 其標準如下。

Integrity test by electrophoresis

取1.5ug RNA 跑 denature electrophoresis, RNA 應出現清楚的兩條Band (28S/18S rRNA), 有時會有第三條Band(5S rRNA), 最上方不可出現DNA污染(見Lane 4),28S/18S 應近似兩倍。

Integrity test by Bioanalyzer

傳統的 Denature electrophoresis 可以清楚分析 RNA 的完整性,然而最大的問題是需要 1.5 ug RNA, 對於許多珍貴臨床樣品往往經不起這樣的消耗,而微流晶片技術(2100 Bioanalyzer, agilent inc.)可以改善這樣的問題, 利用微型化使樣品需求降到 25ng, 本中心採用此技術進行RNA完整性分析,如同傳統電泳,除 28S,18S 外不應有其它峰值,28S/18S應在1.8-2.1之間。