微陣列及基因表現分析核心設施


the National Microarray & Gene Expression Analysis Core Facility

of

the National Research Program for Genomic Medicine

我要申請
黃金陣容
服務辦法
服務項目
文件下載
答客問
未來發展
網路資源
連絡我們

 

答客問

About sample preparation and quality check

1. 請問核心實驗室是否接受RNA 以外的樣品送件?

2.如何判定RNA的品質是否合格?

3.血液中含有多少白血球?可抽出多少DNA, RNA, protein?

4. 106 cells 可抽到多少 RNA?可做多少 cDNA?

 

About affymetrix genechip service

1.什麼是TEST Chip?

2.我知道我的RNA很爛,可是我非做不可?

3.我想作的Chip 沒有在服務的項目之中?

 

About real-time quantitative PCR service

1.請問委託單位是如何定義?

 2.進行 Q-PCR 需要多少 RNA?

 


About sample preparation and quality check

 

1. 請問核心實驗室是否接受RNA 以外的樣品送件?

答:對不起,目前核心實驗室並沒有足夠的操作能量,可以接受RNA以外的樣品(例如冷凍組織及臘塊)。RNA抽取的方法及產量畸異性非常的大,核心實驗室並沒有一個可以適用於所有樣品的程序,可以確定得到最佳效果,我們認為,我們不會比申請人更了解樣品的特性,同時也沒有不足夠的時間及人力針對每一個樣品去嘗試。所以在現階段的作業中,我們並不接受RNA以外的樣品。

>>Back

2.如何判定RNA的品質是否合格?

答:請參閱 網頁說明。

>>Back

3.血液中含有多少白血球?可抽出多少DNA, RNA, protein?

全血可分為血漿與血球兩部分,各佔血液的55%45%。血球又可分為紅血球(RBC)、白血球(WBC),與血小板,其所佔比例為500130。血液中WBC的數量會隨年齡、性別等生理狀態而異,正常成人的WBC參考數值為4500 ~ 11000 / ml2歲以前之孩童的WBC參考數值則為5000 ~ 13000 / ml。全血中所含有DNA含量為30~60 mg/ml blood (6 pg/cell)RNA含量為1~5 mg/ml blood plasma protein含量為60~80 mg/ml bloodDNA純化方式可利用QIAGENQIAamp DNA Blood Mini Kit,產量約為4~12 mg DNA / 200ml healthy whole bloodRNA純化方式可利用QIAGENQIAamp RNA Blood Mini Kit,產量約為1~5 mg RNA /ml healthy whole blood

參考文獻

1.          何敏夫編著,血液學第三版,血液常規檢查,2002p583-616

2.          http://www1.qiagen.com/

 >>Back

4. 106 cells 可抽到多少 RNA?可做多少 cDNA?

106 cells 可抽到 10-35 μg total RNA, :NIH/3T3可抽取到10μg total RNA, Hela可抽取到15μg total RNA, COS-7可抽取到35μg total RNA, LMH可抽取到12μg total RNA, Huh可抽取到15μg total RNA; 至於可轉成多少 cDNA,得依基因在細胞中的表現情況而定, Abundant ( GAPD,β-Actin)100-1000copies/cell, Intermediate(Translocation factors) 10-100 copies, Rare(TNF,M-CSF)<10 copies/cell NIH/3T3為例106 cells可有 7*108-7*109 copies G.APD,7*107-7*108 copies translocation factors,7*106 copies TNF

>>Back

About affymetrix genechip service

 

1.什麼是TEST Chip?

答:Test 是集合了許多物種的house keeping gene 的小型Chips, 用途是在確認 RNA 的品質以及樣品處理時有無瑕玼。因為晶片成本很高,我們希望每一次都能有最好的結果,然而許多樣品或操作上的問題,必須要在實驗後掃描才會發現,然而那時已無法挽救了,因此,這時我們會建議先以成本較低的 Test chip 測試,若Test chip 結果正確,再進行正式實驗。  本中心使用任何以一種 Chip 時,皆可以額外申請 使用 test chip, 僅需負擔 Chip 成本價格。

>>Back

2.我知道我的RNA很爛,可是我非做不可!

答:有時樣品取得非常困難,而且品質上無法達到要求,這一點我們可以完全理解!這是我們會建議您跑一片 test chip, 測試從樣品取得數據的可行性,再做決定。

>>Back

3.我想作的Chip 沒有在服務的項目之中?

答:只要是eukaryotic  expression 的Chip, 我們都可以處理,我們也可以為您代訂,不過因為量少,所以在晶片成本上會高出很多,因此請連絡我們,我們會為您詢價,再告知可能的服務方法及價格。

>>Back

About real-time quantitative PCR service

1.請問委託單位是如何定義?

由於本實驗室使用的是384well plate, 因此有些實驗耗材及人工成本是以384反應為單位, 亦即每一次不論1~384個反應均需使用一片封膜跟一個384well plate, 所以理論上需以384個反應為一個計費單位(國家型計畫SYBR Green 應為NT$1080) 但考量到客戶的成本負擔, 因此以192個反應為一個計費單位(國家型計畫SYBR Green 應為NT$540); 所以總反應數除以192尾數無條件進位至整數, 即為委託單位。

舉例來說

100個反應==委託單位為1

192個反應==委託單位為1

193個反應==委託單位為2

384個反應==委託單位為2

385個反應==委託單位為3

>>Back

 2.進行 Q-PCR 需要多少 RNA?

進行 Q-PCR 需要10-100ng RNA/reaction

參考資料來源:1.QIAGEN catalog-Rneasy Mini Handbook, OneStep RT-PCR Kit Handbook

2. ABI- http://docs.appliedbiosystems.com/pebiodocs/04308134.pdf

>>Back