the National Microarray & Gene Expression
Analysis Core Facility
of
the National Research Program for Genomic Medicine
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About sample preparation and quality check 3.血液中含有多少白血球?可抽出多少DNA, RNA,和 protein? 4. 106 cells 可抽到多少 RNA?可做多少 cDNA?
About affymetrix genechip service
About real-time quantitative PCR service
About sample preparation and quality check
答：對不起，目前核心實驗室並沒有足夠的操作能量，可以接受RNA以外的樣品（例如冷凍組織及臘塊）。RNA抽取的方法及產量畸異性非常的大，核心實驗室並沒有一個可以適用於所有樣品的程序，可以確定得到最佳效果，我們認為，我們不會比申請人更了解樣品的特性，同時也沒有不足夠的時間及人力針對每一個樣品去嘗試。所以在現階段的作業中，我們並不接受RNA以外的樣品。 答：請參閱 網頁說明。 3.血液中含有多少白血球?可抽出多少DNA, RNA,和 protein? 全血可分為血漿與血球兩部分，各佔血液的55%與45%。血球又可分為紅血球(RBC)、白血球(WBC)，與血小板，其所佔比例為500：1：30。血液中WBC的數量會隨年齡、性別等生理狀態而異，正常成人的WBC參考數值為4500 ~ 11000 / ml，2歲以前之孩童的WBC參考數值則為5000 ~ 13000 / ml。全血中所含有DNA含量為30~60 mg/ml blood (6 pg/cell)，RNA含量為1~5 mg/ml blood， plasma protein含量為60~80 mg/ml blood。DNA純化方式可利用QIAGEN之QIAamp DNA Blood Mini Kit，產量約為4~12 mg DNA / 200ml healthy whole blood，RNA純化方式可利用QIAGEN之QIAamp RNA Blood Mini Kit，產量約為1~5 mg RNA /ml healthy whole blood。 參考文獻 1. 何敏夫編著，血液學第三版，血液常規檢查，2002，p583-616 4. 106 cells 可抽到多少 RNA?可做多少 cDNA? 106 cells 可抽到 10-35 μg total RNA, 如:NIH/3T3可抽取到10μg total RNA, Hela可抽取到15μg total RNA, COS-7可抽取到35μg total RNA, LMH可抽取到12μg total RNA, Huh可抽取到15μg total RNA; 至於可轉成多少 cDNA,得依基因在細胞中的表現情況而定, 如 Abundant (如 GAPD,β-Actin)為100-1000copies/cell, Intermediate(如Translocation factors) 為10-100 copies, Rare(如TNF,M-CSF)為<10 copies/cell。 以NIH/3T3為例106 cells可有 7*108-7*109 copies 的 G.APD,7*107-7*108 copies 的 translocation factors,7*106 copies 的 TNF。 About affymetrix genechip service
答：Test 是集合了許多物種的house keeping gene 的小型Chips, 用途是在確認 RNA 的品質以及樣品處理時有無瑕玼。因為晶片成本很高，我們希望每一次都能有最好的結果，然而許多樣品或操作上的問題，必須要在實驗後掃描才會發現，然而那時已無法挽救了，因此，這時我們會建議先以成本較低的 Test chip 測試，若Test chip 結果正確，再進行正式實驗。 本中心使用任何以一種 Chip 時，皆可以額外申請 使用 test chip, 僅需負擔 Chip 成本價格。 答：有時樣品取得非常困難，而且品質上無法達到要求，這一點我們可以完全理解！這是我們會建議您跑一片 test chip, 測試從樣品取得數據的可行性，再做決定。 答：只要是eukaryotic expression 的Chip, 我們都可以處理，我們也可以為您代訂，不過因為量少，所以在晶片成本上會高出很多，因此請連絡我們，我們會為您詢價，再告知可能的服務方法及價格。 About real-time quantitative PCR service 由於本實驗室使用的是384well plate, 因此有些實驗耗材及人工成本是以384反應為單位, 亦即每一次不論1~384個反應均需使用一片封膜跟一個384well plate, 所以理論上需以384個反應為一個計費單位(國家型計畫SYBR Green 應為NT$1080) 但考量到客戶的成本負擔, 因此以192個反應為一個計費單位(國家型計畫SYBR Green 應為NT$540); 所以總反應數除以192尾數無條件進位至整數, 即為委託單位。 舉例來說: 100個反應==委託單位為1 192個反應==委託單位為1 193個反應==委託單位為2 384個反應==委託單位為2 385個反應==委託單位為3 進行 Q-PCR 需要10-100ng RNA/reaction。 參考資料來源:1.QIAGEN catalog-Rneasy Mini Handbook, OneStep RT-PCR Kit Handbook。 2. ABI- http://docs.appliedbiosystems.com/pebiodocs/04308134.pdf |
