陽明大學臨床醫學研究所博士班成立於民國七十五年三月，八十九年成立碩士在職進修專班。首任所長由姜必寧教授擔任，歷經余家利教授、林幸榮教授，現任所長為吳肇卿教授。

　

    本所原來限定以臨床醫師為招生對象，提供臨床醫師進修研究的機會，但自九十三年度起博士班新增了分子醫學組，提供非醫師背景的優秀人員也能多一個進修的管道。目前畢業之 碩、博士校友共有十八屆， 已培育出114位具醫學研究及教育之人才，並有95位菁英就讀中。

　

　　本所成立之宗旨為培育醫學研究人才及醫學教學師資，奠定未來從事高深醫學研究的基礎，並充當臨床與基礎醫學研究之間的橋樑，推動臨床與基礎醫學整合研究及提供臨床醫師臨床診治與醫學研究整合教育。